Obecny Kościół p.w. Najświętszego Serca Jezusowego stoi w miejscu gdzie dawni mieszkańcy tych ziem mieli swoje miejsce kultu. Tu też powstał pierwszy kościół w Słupsku. Tu najdłużej modlono się po kaszubsku.
Kościół wzniesiono na starym pogańskim miejscu kultowym, wiemy o tym ponieważ znaleziono tu płytę kamienną z wyobrażeniem bożka. Po wprowadzeniu chrześcijaństwa postawiono najstarszy kościół Słupska pod ówczesnym wezwaniem św. Piotra. Kościół wzmiankowany w dokumencie wystawionym przez księcia gdańskiego Mściwoja II w 1281 r. pełnił już wówczas, jako jedyny, funkcje parafialne.
Również później, po relokacji lewobrzeżnego Słupska (1310 r.) i stworzeniu parafii p.w. NMP obsługującej gminę niemiecką, kościół św. Piotra był kościołem parafialnym dla okolicznych wsi i prawobrzeżnej osady (ówczesnego Starego Miasta ), zlokalizowanej na południe od kościoła. Osada ta podlegała jurysdykcji książęcej i zamieszkiwana była przez ludność posługującą się dialektem kaszubskim. Jeszcze na początku XVIII w. parafii św. Piotra podlegało 16 okolicznych wsi, w których ponad 80 procent ludności używało gwary kaszubskiej. W 1722 r. rada miejska poparła wyraźnie stanowisko szlachty należącej do parafii św. Piotra, „że nikt inny na diakona na Starym Mieście nie może być powołany jak tylko ten, którym (…) również język polski rozumie”.
Budowla powstała zapewne długo przed 1281 r. Był to najprawdopodobniej kościół drewniany. Później, w XIV w. na tym samym miejscu stanął kościół murowany, gotycki, oszkarpowany, bazylikowy, który spłonął w 1616 r. Kościół ten odbudowano i rozbudowano w 1797 r., a następnie rozebrano go w 1860 r.
W 1865 r. postawiono nowy kościół dla gminy protestanckiej i ta budowla przetrwała do dziś.
W 1945 r. kościół został przekazany parafii rzymsko – katolickiej i wówczas poświęcono go zmieniając wezwanie.
